Dettagli progetto

Description

Dall’identificazione del virus SARS-CoV-2 la comunità scientifica si è rapidamente adoperata per caratterizzare il virus e le sue dinamiche di replicazione, descrivendo la sua patogenesi e monitorando la sua diffusione. I modelli matematici e i dati epidemiologici sono stati fondamentali per monitorare la diffusione del virus e per le misure di controllo (1), proiettando la diffusione virale sia nel breve che nel lungo termine (2). Insieme all'analisi epidemiologica basata sul numero dei casi confermati e sui decessi per COVID-19, il sequenziamento dei genomi virali è diventato un potente strumento per comprendere e monitorare le dinamiche di evoluzione e diffusione, come in altre malattie infettive (3-4). La cosiddetta epidemiologia genomica consente una ricostruzione efficace della diffusione geografica virale, nonché la stima di parametri chiave come il numero di riproduzione di base di un virus, il suo tasso di crescita e il tempo di raddoppio nonchè modelli di incidenza e prevalenza della malattia. L’uso della genomica in sanità pubblica non è una novità. E’ stata utilizzata in vari outbreak di patogeni ad alta morbidità e mortalità come l’outbreak da meningococco in Italia (5) e l’epidemia di Ebola in Africa occidentale nel 2014-2016 (6-7) e oggi sono già documentate esperienze per SARS-CoV-2 (8-9).

La diversità genomica dei virus è il risultato di processi evolutivi dinamici. Pertanto, le sequenze genomiche dei virus, in particolare gli interi genomi, possono essere una preziosa fonte di informazioni sulla storia evolutiva ed epidemiologica dei virus, utilizzata per tracciare i modelli di trasmissione e per definire i tratti patogenetici. Inoltre, l'analisi filogenetica sulle sequenze genomiche può consentire di identificare cluster epidemici e di individuare caratteristiche specifiche utili per il trattamento, la progettazione e/o re-editing di un vaccino e il disegno/adattamento di metodi diagnostici.

In Italia, manca una raccolga sistematica di dati di sequenziamento insieme ad informazioni clinico-epidemiologiche dei soggetti affetti da COVID-19. E’essenziale che il sequenziamento genomico sia rappresentativo delle regioni italiane al fine di avere un quadro completo delle caratteristiche del virus nel tempo e nello spazio. Cosi come manca un’analisi strutturata dei virus circolanti per determinare la sua variabilità, la sua diffusione, il suo tasso riproduttivo e i relativi cambiamenti nel tempo. La possibilità di ottenere questi dati è fondamentale non solo per aumentare le conoscenze scientifiche per un virus nuovo ma anche per avere dati nazionali sui virus circolanti in era pre-vaccinale.


Soluzioni ed interventi proposti sulla base delle evidenze scientifiche
Per conoscere adeguatamente le caratteristiche genomiche principali dei ceppi di SARS-Cov-2 circolanti nel nostro Paese con una adeguata rappresentatività geografica è necessario monitorare nel tempo la circolazione del virus e ottenere dati dai vari contesti territoriali. Il progetto intende delineare la diffusione di ceppi appartenenti a diversi clades nelle varie fasi epidemiche in Italia. I primi casi confermati di infezione da SARS-CoV-2 in Italia sono stati segnalati a metà febbraio (10-11). Sarà possibile analizzare un gran numero di genomi di SARS-CoV-2 durante l'intera epidemia (dall'inizio, il caso COVID-19 “numero 1”). L'ISS, e anche le UOs collaboranti, hanno già pubblicato alcuni dei primi genomi di SARS-CoV-2 identificati nel paese e depositati nel database pubblico GISAID.
Questa proposta intende fornire dati sulle caratteristiche genomiche dei ceppi virali di SARS-CoV-2 responsabili dell’epidemia in corso in Italia, per evidenziare tutte le caratteristiche prevalenti dei ceppi circolanti comprendendo il Nord, il Centro e il Sud Italia e coprendo un arco temporale adeguato.
Questa attività consentirà di monitorare i cambiamenti genetici per valutare prospetticamente l
StatoAttivo
Data di inizio/fine effettiva11/19/205/18/22

Fingerprint

Esplora i temi di ricerca toccati da questo progetto. Queste etichette sono generate sulla base dei riconoscimenti/sovvenzioni sottostanti. Insieme formano una fingerprint unica.