Attività integrate di campionamento di matrici biologiche da pazienti affetti da carcinoma orale squamocellulare, di creazione banca dati e validazione dei bio-markers salivari mediante RT-PCR e RTQ-PCR

Progetto: Research project

Dettagli progetto

Description

Il Carcinoma Squamo-Cellulare del cavo orale (OSCC) continua a registrare un trend in continuo aumento nella sua incidenza, una riduzione delle percentuali disopravvivenza ed una ridotta qualità della vita residua. Per tali motivi, una diagnosi accurata e precoce assume un ruolo cruciale nel ridurre la mortalità emigliorare la prognosi dei pazienti.Un valido contributo potrebbe venire dalla scoperta di nuovi biomarkers salivari, così come di molecole coinvolte nell'insorgenza e nell'evoluzione del OSCC.Teoricamente, alcune molecole correlate all'outcome clinico della patologia, potrebbero essere considerati utili biomarker dopo la loro validazione; in particolare,nuovi dati possono essere ottenuti investigando, in pazienti affetti da OSCC, l'espressione di biomarkers salivari correlati sia alle capacità invasive e metastatichedel tumore che alla prognosi infausta ed alle percentuali di sopravvivenza. Il monitoraggio di questi pazienti con biomarkers salivari sensibili in combinazione conl'analisi patologica molecolare, può migliorare l'accuratezza e la stadiazione diagnostica del OSCC. Risulta cruciale definire il profilo molecolare del OSCC -l'espressione del pattern di centinaia di fattori - influenzante la sua biologia. Infatti, la tradizionale sub-classificazione tumorale si basa sulle caratteristicheistologiche, ma tale metodica appare troppo superficiale e non particolarmente predittiva delle caratteristiche individuali del tumore. È necessaria, quindi, unasevera validazione grazie a un “processo a cascata” mediante diverse e specifiche tecniche al fine di confermare l'attiva presenza dei suddetti biomarkers incampioni tissutali di OSCC, paraffinati e congelati, e contemporaneamente nella saliva degli stessi pazienti; successivamente, i biomarkers selezionati devono esserevalidati in un ampio campione di pazienti affetti da OSCC. Quindi, i Tasks che devono essere sviluppate dall'Unità di Palermo sono le seguenti.In WP2: raccolta di 100 campioni di saliva da pazienti affetti da OSCC (50 N+ e 50 N-) con relativi prelievi tissutali e di 100 campioni di saliva da soggetti sani,raggruppati per età e sesso. I prelievi salivari saranno quindi inviati alle Unità di Foggia e di Bari le quali provvederanno all'analisi proteomica e transcriptomica alfine di individuare specifici biomarkers utili alla discriminazione dei pazienti affetti da OSCC dai soggetti sani. In un secondo momento, i dati ottenuti verrannovalidati dalla 2 Unità verificando l'espressione dei markers selezionati in 200 campioni di saliva di pazienti affetti da OSCC e in 200 campioni di saliva di soggettisani usai come controlli.In WP5: l'intero processo di raccolta dei dati, la creazione del database e l'analisi - step by step - dei risultati parziali e finali (dopo i dati di WP6 e WP8), sarannocondotte, a richiesta e in accordo con le aspettative delle diverse Unità di Ricerca, mediante l'uso differenti softwares ed applicazioni statistiche.Il principale obiettivo è la creazione di un corretto raggruppamento dei dati e di pattern classificativi, unitamente alla scoperta di corrette correlazioni traespressione genica e caratteristiche tumorali. I risultati saranno disponibili mediante indici statistici. I mezzi matematici applicati all'analisi dei dati sarannoelaborati utilizzando i software disponibili (GeneSifter per Affimetrix o GeneChip® Expression Analysis), useremo un approccio di raggruppamento di t

Layman's description

L’Unità di Palermo (Campisi) provvederà allo svolgimento delle seguenti WPs: • WP2 (Raccolta della saliva e campionamento dei OSCC) in collaborazione con l’Unità di Roma (Quaranta) e con quella di Napoli (De Rosa) • WP5 (Raccolta ed elaborazione dei dati, analisi finale, supervisione e disseminazione dei risultati)• WP8 (Validazione delle potenzialità espressive di biomarkers in una vasta serie di campioni salivari provenienti da pazienti affetti da OSCC e da soggetti sani mediante WB/ELISA e RT-PCR e RTQ-PCR) in collaborazione con l’Unità di Bari (Mariggiò)*All’interno della sua totale attività, Palermo deve realizzare i seguenti tasks (descritti in dettaglio):WP2 Obiettivo– Raccolta , caratterizzazione e preparazione di campioni di saliva da soggetti sani e da pazienti affetti da OSCC. Raccolta , caratterizzazione e preparazione dei campioni congelati e paraffinati di OSCC e di mucosa orale sana. Realizzazione di una banca di campioni biologici umani. - Collection, characterization and preparation of saliva samples from healthy subject and OSCC patients. Collection, characterization and preparation of frozen and paraffined specimens of oral cancer and oral normal mucosa. Realization of human biological sample bank. WP2 è organizzato in 3 Tasks.Task 1 – L’Unità provvederà alla raccolta di saliva di 100 soggetti sani, distributi per età e sesso, e di 100 pazienti affetti da OSCC (50 con linfoadenopatia metastica e 50 senza linfoadenopaia metastica), usando specifiche apparecchiature. Il consenso informato per l’uso dei campioni per fini di ricerca, sarà ottenuto da tutti i pazienti, unitamente all’ approvazione da parte del comitato etico.Per i pazienti affetti da OSCC il criterio di inclusione sarà la diagnosi di OSCC primario in assenza di trattamento; di contro, il criterio di esclusione sarà la presenza di patologie infettive a carico delle ghiandole salivari. I soggetti sani, distribuiti per età, sesso ed abitudini di rischio, saranno selezionati fra pazienti sottoposti ad estrazione chirurgica del terzo molare e/o ad altra manovra chirurgica non correlata a OSCC ed in assenza di precedente trattamento. Anche per essi il criterio di esclusione sarà la presenza di patologia infettive a carico della ghiandole salivari.I dati di pertinenza clinica (sesso, età, sito e dimensione della lesione) ed isto-patologica (istotipo, grado di infiltraione, margini chirurgici, coinvolgimento linfonodale) saranno registrati ed inseriti in un database preparato dall’Unità. La saliva non stimolata sarà raccolta tra le 9 a.m e le 10 a.m. in accordo con i protocolli presenti in letteratura (Navazesh M Methods for collecting saliva. Ann NY Acad Sci 1993; 694:72-77.). Ai partecipanti verrà richiesto di non mangiare, bere, provvedere all’igiene orale ed utilizzare collutori prima della raccolta. Ciascun partecipante sarà sottoposto a visita odontoiatrica per escludere la presenza di lesioni mucose o stati infiammatori nel gruppo controllo: la mucosa orale dovrà apparire sana, priva di eritema e/o desquamazioni epiteliali. Tutti i partecipanti firmeranno un apposito ed istituzionalmente approvato consenso informato.Un cocktail di inibitori di RNase (Superase-In, Ambion Inc., Austin, TX, USA) e di proteasi (Sigma, St. Louis, MO, USA) saranno immediatamente aggiunti alla saliva raccolta. I campioni saranno centrifugati a 2600 giri per 15 min (4°C) ed il supernatante sarà aliquotato e congelato ad-80°C. Task 2 – L’Unità provvederà alla raccolta di campioni chirurgici e congelati di mucosa orale sana (25 casi) e di OSCC provenienti dagli stessi soggetti desc

Key findings

Salute
StatoAttivo
Data di inizio/fine effettiva1/1/09 → …