Analisi dei polimorfismi genici e della variazione del numero di copie (CNV), e identificazione di una gene e miRNA signature in pazienti affetti da tumori gastrointestinali stromali (GIST): Ruolo diagnostico, prognostico, predittivo.

I tumori stromali gastrointestinali (GISTs) sono tumori rari la cui l’incidenza è stata chiarita di recente, dopo la ridefinizione dei criteri diagnostici in seguito al riconoscimento del caratteristico profilo immunoistochimico di queste neoplasie. I GIST rappresentano meno dell’1% di tutte le neoplasie maligne, ma sono i più comuni tumori mesenchimali del tratto gastroenterico (0,1-3 % in questa sede). Si presentano in più del 99% dei casi in forma sporadica, ma esiste una minima percentuale di GIST eredo-familiari caratterizzati da mutazioni germinali in diversi geni di suscettibilità. La genetica molecolare non solo ha svelato il meccanismo coinvolto nella genesi dei GIST, ma, anche, ci ha consegnato un marcatore immunofenotipico, il c-kit. La maggior parte dei GIST (90-95%) mostra mutazioni attivanti di c-kit con immunopositività c-kit/CD117. Tale marcatore consente, quindi, nel 90-95% dei casi di produrre una diagnosi molto affidabile. Nel gene sono presenti 4 hot spot di mutazione che cadono in ordine di frequenza negli esoni 11, 9, 13 e 17. c-kit è una glicoproteina transmembrana con attività tirosinochinasica indispensabile per lo sviluppo (differenziamento) e la crescita delle cellule (proliferazione). Nella situazione patologica, la maggior parte delle mutazioni in questo gene innesca una omodimerizzazione spontanea che, in definitiva, provoca un’autoattivazione con un vantaggio proliferativo e un effetto anti-apoptotico. Sappiamo che le mutazioni del gene c-kit vengono riconosciute come l’evento patogenetico principale (90% dei casi), ma non rappresentano il solo evento. Infatti, esistono GIST che non presentano mutazioni in c-kit, ma, con rapporto mutualmente esclusivo, nel gene PDGFR-α (fattore di crescita di derivazione piastrinica) codificante per una molecola con attività tirosin-kinasica con funzione sostanzialmente analoga a c-kit. Mutazioni in questi geni rappresentano un evento precoce, mentre successive alterazioni cromosomiche sono coinvolte nella progressione neoplastica. I GIST a basso grado hanno spesso un cariotipo normale o presentano la perdita del braccio corto del cromosoma 1p o la perdita del cromosoma 14 o 22 (50% dei casi). I GIST ad alto grado sono spesso accompagnati da almeno 3 delezioni cromosomiche (1p, 9p,11p o 22p). I GIST metastatici sono caratterizzati da perdita nel cromosoma 9p associata a guadagno in 5q, 8q, 17q e 20q. Aberrazioni citogenetiche, inoltre, includono LOH di p16(INK4A) and p14(ARF), metilazione di p15(INK4B), perdita omozigote del gene Hox11L1, e amplificazione di C-MYC, MDM2, EGFR1, and CCND1. Recentemente, diversi studi hanno dimostrato l’esistenza di variazioni submicroscopiche del numero di copie di segmenti di DNA, di dimensioni variabili, che si estendono da 1 Kb fino a poche Mb. In tutti gli essere umani sono state riscontrate delezioni, inserzioni, duplicazioni e complesse varianti in siti multipli, che nel complesso vengono chiamate copy number variations (CNVs). Variazioni nel numero di copie dei geni possono influenzare l’espressione genica, determinando patologie, predisponendo all’insorgenza di diverse malattie, dando luogo a variabilità fenotipica. Nuove tecnologie basate sui microarrays consentono di evidenziare differenze nel numero di copie geniche (CNV) nella linea germinale di pazienti affetti da tumore. Un numero rilevante di CNVs può essere associato ai tumori umani ed è in relazione alla amplificazione di proto-oncogeni e alla delezione di geni oncosoppressori. Tuttavia, esistono, nel genoma umano, anche CNVs definiti “benigni” in quanto non necessariamente associati a patologie. Questi rappresentano il 12% del genoma. L’identificazione di individui ad alto rischio di sviluppo di GIST potrebbe essere utile per migliorare la prognosi di questa malattia. Ad oggi non c’è nessun indicatore biologico o genetico capace selezionare a priori pazienti ad alto rischio di GIST. Lo scopo del nostro studio sarà